Рубен Варданян родился 25 мая 1968 года в Ереване (Армянская ССР). В 1985 году окончил ереванскую школу с золотой медалью. После службы в рядах Вооруженных сил СССР поступил на экономический факультет Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова, который с отличием окончил в 1992 году. Позднее проходил специализированные образовательные программы для лидеров бизнеса в ведущих бизнес-школах мира, включая INSEAD и Harvard Business School.
В начале 1990-х годов Варданян стоял у истоков формирования российского фондового рынка и инвестиционного банкинга:
Создание «Тройки Диалог»: В 1992 году он стал соучредителем инвестиционной компании «Тройка Диалог», которая под его руководством превратилась в один из крупнейших и наиболее влиятельных независимых инвестиционных банков в России, предоставлявших полный спектр услуг в сфере брокерского обслуживания, управления активами и слияний и поглощений (M&A).
Сделка со Сбербанком: В 2011–2012 годах «Тройка Диалог» была приобретена российским государственным «Сбербанком», после чего на ее базе был создан крупный инвестиционный блок.
Рубен Варданян активно занимался масштабными меценатскими, образовательными и социальными проектами:
Сколково: Был одним из главных инициаторов создания и председателем международного попечительского совета Московской школы управления «СКОЛКОВО», вложив значительные личные средства в ее основание.
Армянские инициативы: Совместно с партнерами основал фонд «ИDeA» (Initiatives for Development of Armenia), в рамках которого реализовал масштабные проекты по возрождению историко-культурного наследия (например, проект «Возрождение Татева»).
Гуманитарные проекты: Соучредитель международной гуманитарной премии «Аврора» (Aurora Prize for Awakening Humanity), учрежденной в память о жертвах исторических трагедий.
Осенью 2022 года Рубен Варданян заявил об отказе от гражданства Российской Федерации, решении переехать на постоянное место жительства в Нагорный Карабах и о сложении с себя полномочий в ряде международных структур.
С ноября 2022 года по февраль 2023 года он занимал должность государственного министра непризнанного образования, после чего был отправлен в отставку.
В сентябре 2023 года был задержан азербайджанскими пограничниками на КПП при попытке выезда. Ему были предъявлены обвинения по ряду статей Уголовного кодекса Азербайджанской Республики (включая финансирование терроризма, создание незаконных вооруженных формирований и незаконное пересечение границы). 17 февраля 2026 года Бакинский военный суд приговорил Рубена Варданяна к 20 годам лишения свободы.