После восстановления независимости Азербайджан попытался наладить добрососедские отношения с Ираном. Однако, к сожалению, адекватной реакции так и не последовало, никаких шагов навстречу не предпринималось. Азербайджан исходил из того, что Иран – мусульманская страна, близкий сосед, государство, населенное, преимущественно, этническими азербайджанцами. По утверждению официального Тегерана, Иран является оплотом всех мусульман в мире. Полагаясь на добрососедские отношения и уверовав в благие намерения Ирана, Азербайджан на определенном вираже даже согласился на посредничество этой страны в процессе урегулирования конфликта с Арменией, однако вскоре разуверился в искренности подобных инициатив.
За несколько часов до оккупации Шуши в 1992 году при посредничестве тогдашнего президента Ирана Хашими Рафсанджани президентами Армении и Азербайджана было подписано соглашение о мирном урегулировании карабахского конфликта. Документ, подписанный президентами трех стран, предусматривал прибытие в течение недели в регион Южного Кавказа личного представителя Рафсанджани Махмуда Ваези и вступление в силу режима прекращения огня, и открытия коммуникаций. Однако это соглашение было нарушено на следующий же день после его подписания - 8 мая, когда армянские вооруженные формирования при содействии своих покровителей оккупировали Шушу. Таким образом, достигнутая в Тегеране договоренность утратила силу. После демонстративного нарушения Арменией соглашения, достигнутого при посредничестве Ирана, официальный Тегеран ни принял каких-либо санкций в отношении Армении, и не прекратил торговые отношения с этой страной. Напротив, стал активнее помогать стране-оккупанту. Впоследствии экс-президент Армении Серж Саргсян признал помощь и поддержку Исламской республики, заявив, что "если бы не помощь Ирана, армянское государство утратило бы свое существование".
Несмотря на вероломное предательство Ирана, Азербайджан готов продолжать сотрудничество с соседом. "Мы считаем, что в последнее время в отношениях между Азербайджанской Республикой и Исламской Республикой Иран пролегла определенная холодность. Для устранения этого мы приняли надлежащие меры и намерены продолжить их", - отметил на встрече с Рафсанджани в 1993 году президент Азербайджана Гейдар Алиев.
В ходе визита были подписаны соглашения о дружбе, сотрудничестве, партнерстве в экономической, научной и культурной областях. Однако во время визита Рафсанджани в Баку армянские войска оккупировали приграничный с Ираном Зангиланский район Азербайджана.
Общенациональный лидер Гейдар Алиев, посетивший Иран в декабре 1997 года для участия в саммите глав государств и правительств Организации исламской конференции в Тегеране, на встрече с верховным руководителем Ирана аятоллой Сеидом Али Хаменеи произнес: "Выражая признательность руководству Исламской Республики Иран за гуманитарную помощь, оказанную азербайджанским беженцам, с сожалением должен констатировать, что многие государства оказывают политическую и экономическую поддержку Армении, которая не отказывается от неконструктивной позиции в мирном урегулировании армяно-азербайджанского конфликта". Тем самым Гейдар Алиев недвусмысленно дал понять иранским властям, что осведомлен об их содействии армянским оккупантам. Впоследствии официальные лица Азербайджана неоднократно доводили до внимания иранских властей, что, оказывая помощь армянским оккупантам, они поступают по меньшей мере несправедливо.
Иран всячески содействовал пребыванию армянских оккупантов на азербайджанской земле, обеспечивая их всеми надлежащими материалами, вплоть до горючего и продуктов питания. А значит, армянские танки топтали азербайджанскую землю, передвигаясь на иранском топливе, а солдат оккупационной армии кормили продовольствием, поставляемым из Исламской республики. Во время 44-дневной войны Иран поставлял в Армению бензин по цене 35 драм (12 центов). По итогам 2018 года общий торговый оборот между Исламской республикой и Арменией составил 364 млн долларов. Это крупнейший показатель с 1991 года. В 2020 году этот показатель достиг 400 млн долларов. За 6 месяцев 2021 года товарооборот между Ираном и Арменией составил 224 млн долларов. Таковы официальные показатели. Иранские товары не досматриваются на армянских постах надлежащим образом, что подтверждают в том числе факты контрабанды различных грузов из Ирана в Армению. В путевых листах водителей указывается "Армения-Степанакерт". Отметим также, что ирано-армянскую границу патрулируют пограничные войска ФСБ России.
Армяне частенько выступают с антиазербайджанской риторикой в Иране. При этом власти Ирана ни разу не наказывали их за разжигание межнациональной розни. 28 февраля 2019 года в рамках визита в Иран премьер-министр Армении Никол Пашинян на встрече с армянской общиной в Тегеранском клубе "Арарат" сделал селфи у плаката "Карабах - это Армения и точка". Официальный Иран и тогда не упрекнул зарвавшегося армянского премьера и не подал ноту протеста, попустительствуя откровенной провокации.
По некоторым данным, Иран и Армения связаны и по криминальным делам. В книге британского эксперта Гарольда Кейна "Нарко Карабах" приводятся факты контрабанды оружия армянами. В книге подчеркивается, что Армения продолжает закупать оружие у России и становится "стратегическим спутником Москвы". Автор отмечал, что Россия поставляла оружие в Армению и в то время, когда другие страны ввели эмбарго на продажу оружия Армении в связи с нагорно-карабахским конфликтом. Часть этого оружия была передана Армении посредством Ирана. "Торговля оружием долгое время была прибыльным бизнесом. Одним из хорошо известных лиц в местной торговле был Жирайр Сефилян, который ввозил в страну оружие и продавал по самой высокой цене. В Ереване он завоевал репутацию дилера многих иностранных групп", - писал автор книги, упомянув в числе контрабандистов представителя сепаратистского режима Самвела Бабаяна. Выходит, иранская сторона была одним из дилеров в этой сети. Сообщается, что оружие, доставленное контрабандным путем, переправлялось Ираном в Ирак, Йемен и другие страны.
За прошедшие 30 лет Иран наряду с Арменией участвовал в разграблении азербайджанских земель. К сожалению, государство, позиционирующее себя "оплотом ислама", не возражало против разрушения мечетей и религиозных памятников в Агдаме и других городах Азербайджана. Иран принимал участие в реставрации мечети Юхары Гёвхар-ага в Шуше, а после принялся выдавать жемчужину азербайджанского зодчества за образец персидской культуры.
В период оккупации азербайджанских земель Армения и Иран поддерживали обширные экономические связи, реализовывали совместные экономические проекты. Между Ираном и Арменией был проложен газопровод протяженностью 140 километров. Строительство трубопровода началось 20 декабря 2006 года, а открытие состоялось 19 марта 2007 года.
Официальные лица Ирана всегда тепло встречали армянских чиновников, выказывая им благосклонность. Так, 4 октября министр иностранных дел Армении Арарат Мирзоян в ходе визита в Тегеран встретился с иранским коллегой Хосейном Амир Абдуллахианом. На встрече иранский министр заверил армянскую сторону в том, что не допустит ни малейшего ущерба отношениям с Арменией.
Одним из глашатаев клерикального режима Ирана является представитель аятоллы Хаменеи - Сеид Хасан. Его личность и убеждения общеизвестны. Сыпля угрозы в адрес Азербайджана, этот с позволения сказать "молла" бессовестно заявлял о том, что "выпивающие водку никогда не смогут освободить свои земли", а затем нагло лгал, утверждая о фетве, якобы, озвученной Хаменеи в связи с 44-дневной войной.
Козни и происки Ирана в отношении Азербайджана за минувшие 30 лет подорвали доверие официального Баку к этой стране. Иран остро нуждается в реформах, как во внутренней политике, так и во внешнеполитическом курсе, особенно в отношениях с соседями. Власти Ирана запаздывают с этим процессом. Как бы ни оказалось слишком поздно…